В 1960 году на улицах Москвы возникает угроза, которую многие считали уже побеждённой. Вспышка чёрной оспы, смертельно опасного вируса, ставит под угрозу здоровье населения и требует незамедлительных действий со стороны властей. Для разрешения этой чрезвычайной ситуации КГБ назначает полковника Шилова, который не только профессионал своего дела, но и человек с личными счётами к этому вирусу. Его цель — остановить распространение инфекции и выявить всех заражённых.
Ситуация осложняется тем, что вирус пробрался в теневую сторону жизни столицы, где действуют подпольные сообщества, занимающиеся фарцовкой, проституцией и наркотиками. Шилов понимает, что простое сдерживание эпидемии не даст результата, если он не проникнет в самую глубь преступного мира. Ему предстоит столкнуться с людьми, которые привыкли жить на грани закона и рисковать своей жизнью ради прибыли.
Основной конфликт разворачивается вокруг противостояния полковника с преступными элементами Москвы. Каждый его шаг в поисках правды сталкивается с трудностями: у него нет доступа к информации, а тайные организаторы бизнеса готовы пойти на всё, чтобы сохранить свои секреты. На этом фоне Шилов становится жертвой манипуляций и запутанных схем, где каждый новый контакт может оказаться фатальным.
Сложности усиливаются тем, что среди информаторов и союзников полковника также могут оказаться потенциальные предатели. При этом сам Шилов должен разобраться в своих чувствах к прошедшему, которое заставляет его принимать порой неожиданное решение. Он не только охотник за вирусом, но и человек с непростым прошлым, которое накладывает отпечаток на его действия в настоящем.
По мере развития событий Шилов сближается с различными персонажами из тёмных уголков столицы — от простых смертных до влиятельных лидеров криминальных группировок. Каждый из них держит на себе свои секреты и мотивации. Полковнику придётся не только охотиться за заболевшими, но и пытаться понять природу того мира, в который он погружается.
Сюжет насыщен непредсказуемыми поворотами и исследует границы между добром и злом в контексте эпидемии. Напряжённость растёт с каждой серией, а зрители становятся свидетелями бескомпромиссной борьбы Шилова не только за жизни людей, но и за свою собственную душу в условиях морального выбора.